一般来说，微生物实验室常用仪器有：恒温培养箱、霉菌培养箱、生化培养箱、超净工作台、高压灭菌器、烘箱、加热板、电炉、电子分析天平、磁力搅拌器、水浴锅、摇床、离心机、低温保存箱、移液器、PH计、分光光度计、光学显微镜、扫描显微镜、均质器等。

分子生物学以及细胞生物学实验室常用仪器有：二氧化碳培养箱、生物安全柜、低温保存箱、烘箱、高压灭菌器、分析天平、普通天平、移液器、离心机、倒置显微镜、PCR仪、电泳仪、脱色摇床等。

组织培养实验室常用仪器有：高压灭菌器、烘箱、摇床、光照培养箱、人工气候培养箱、分析天平、普通天平、超净工作台等。

而从实验室工作流程来看，则分为样品保存、样品前处理、培养过程、观察分析等。在不同的工作环节则需要不同的仪器。

一般来说，样品保存常用仪器有冰箱/超低温冰箱、液氮罐等。样品前处理常用仪器有移液器、天平、均质/搅拌系列、离心机、冻干机、高压灭菌器以及电泳仪等。

在培养过程常用仪器有培养箱系列、生物安全柜/超净工作台、发酵罐、摇床、水浴、转瓶机、PCR仪、酶标仪等。观察分析时常用仪器有显微镜、菌落计数仪、流式细胞仪、DNA测序仪、高效色谱系列等。在生物实验室中还可能会用到洗瓶机、超纯水系列、超声波清洗机等仪器。